Neo trebuie sa salveze Zionul de distrugerea planuita de catre agentul Smith Aceasta este mai puternic cu fiecare secunda, reprezentand un pericol mai mare decat controlul Masinilor, o amenintare mai presus decat sistemul care l-a creat.
Impreuna cu Tritity, Neo decide sa calatoreasca mai departe decat si-a imaginat vreo fiinta.
El va ajunge fata in fata cu puterea suprema a Masinii si se va confrunta cu insasi rolul sau de 'The One'.